姓名：李旭凯

团队：山西省后稷实验室

邮箱：xukai_li@sxau.edu.cn

地址：a樱花福利院院高清 307室

ORCID：0000-0001-7248-1331

个人简介

李旭凯，男，1986年7月生。博士，副教授，硕士生导师，生物信息系主任。2010年6月，毕业于华中农业大学，获学士学位；2017年06月，毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室，获博士学位。同年07月参加工作，山西农业大学杂粮种质创新与分子育种山西省重点实验室（后稷实验室）核心成员。在《Molecular plant》（IF: 21.949，1区 Top, 植物科学顶级期刊）、《Nature Plants》（IF: 13.256，1区 Top, 植物科学顶级期刊）、《Molecular Breeding》、《International Journal of Molecular Sciences》、《Life》、《BMC Genomics》、《PLoS ONE》（入选ESI高被引论文）、《作物学报》（入选中国知网优秀中文文章）、《中国农业大学学报（自然科学版）》、《华中农业大学学报（自然科学版）》、《山西农业大学学报（自然科学版）》等杂志发表论文 30 余篇。

工作经历

2021.03 - 至今，     山西农业大学，a樱花福利院院高清，生物信息系主任；

2019.12 - 至今，     山西农业大学，a樱花福利院院高清，副教授；

2017.07 - 2019.11，山西农业大学，a樱花福利院院高清，讲师。

教育经历

2010.09 - 2017.06，华中农业大学，作物遗传育种，作物遗传改良国家重点实验室 硕博连读／博士；

2006.09 - 2010.06，华中农业大学，农学，本科／学士。

主讲课程

为研究生讲授《研究生常用软件》、《生物学及研究进展》课程；

为本科生讲授《Perl语言编程》、《数据挖掘》、《生物信息学前沿》、《数据库应用》课程。

实验室成员

在读硕士研究生：孙蓉、韩梦霞.

在读客座硕士研究生：杨宇琭、李亚军.

毕业客座硕士研究生：张雅坤（荣获2021年国家奖学金2万元，中国农业大学攻博）、胡萌萌、郄倩茹、张丽玲、任碧云.

研究领域与方向

1. 生物信息软件开发与应用；

2. 植物功能基因组、植物三维基因组；

3. 谷子功能成分、食味品质分子机制和应用研究；

4. 谷子耐盐碱分子机制和应用研究。

发表的主要论文

^# 为共一作者（Equal contributors）； * 为通讯作者（Correspondence）:

SCI 论文（第一或通讯）

1. Xukai Li^#, * (李旭凯), Zhiyong Shi^#, Jianhua Gao, Xingchun Wang, Kai Guo*. CandiHap: a haplotype analysis toolkit for natural variation study. Molecular Breeding, 2023, x(x):x. DOI: x. (第一/通讯作者, SCI 期刊论文, 2023发表, IF: 3.297, 中科院分区: 2区，已接收)

2. Yulu Yang, Jinjin Cheng, Huarui Han, Rong Sun, Yajun Li, Yakun Zhang, Yuanhuai Han, Hui Zhang, Xukai Li* (李旭凯). Genome-wide identification of the HKT transcription factor family and their response to salt stress in foxtail millet (Setaria italica). Plant Growth Regulation, 2023, 99:113–123. DOI: 10.1007/s10725-022-00903-z. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2023.01.27发表, IF: 3.242, 中科院分区: 3区)

3. Xukai Li^# (李旭凯), Jianhua Gao^#, Jingyi Song^#, Kai Guo^#, Siyu Hou, Xingchun Wang, Qiang He, Yanyan Zhang, Yakun Zhang, Yulu Yang, Jiaoyan Tang, Hailang Wang, Staffan Persson, Mingquan Huang, Lishuai Xu, Linlin Zhong, Dongqin Li, Yongming Liu, Hua Wu*, Xianmin Diao*, Peng Chen*, Xiaowen Wang*, Yuanhuai Han*. Multi-omics analyses of 398 foxtail millet accessions reveal genomic regions associated with domestication, metabolite traits and anti-inflammatory effects. Molecular Plant, 2022, 15(8):1367-1383. DOI: 10.1016/j.molp.2022.07.003. (第一作者, SCI 期刊论文, 2022.07.08发表, IF: 21.949, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)

4. Yakun Zhang^#, Jianhua Gao^#, Qianru Qie, Yulu Yang, Siyu Hou, Xingchun Wang, Xukai Li* (李旭凯), Yuanhuai Han*. Comparative analysis of flavonoid metabolites in foxtail millet (Setaria italica) with different eating quality. Life, 2021, 11(6):578. DOI: 10.3390/life11060578. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2021.06.18发表, IF: 3.817, 中科院分区: 3区)

5. Zhirong Yang^#, Haoshan Zhang^#, Xukai Li^# (李旭凯), Huimin Shen, Jianhua Gao, Siyu Hou, Bin Zhang, Sean Mayes, Malcolm Bennett, Jianxin Ma, Chuanyin Wu, Yi Sui*, Yuanhuai Han*, Xingchun Wang*. A mini foxtail millet with an Arabidopsis-like life cycle as a C₄ model system. Nature Plants, 2020, 6(9):1167–1178. DOI: 10.1038/s41477-020-0747-7. (共同第一作者, SCI 期刊论文, 2020.08.31发表, IF: 13.256, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)

6. Renjian Li, Yanqing Han, Qi Zhang, Guorong Chang, Yuanhuai Han, Xukai Li* (李旭凯), Baojun Zhang*. Transcriptome profiling analysis reveals co-regulation of hormone pathways in foxtail millet during Sclerospora graminicola infection. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(4):1226. DOI: 10.3390/ijms21041226. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2020.02.12发表, IF: 4.183, 中科院分区: 2区Top)

7. Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Xiaobo Zhu, Peng Chen, Ying Li, Guosheng Xie, Lingqiang Wang, Yanting Wang, Staffan Persson*, Liangcai Peng*. Domestication of rice has reduced the occurrence of transposable elements within gene coding regions. BMC Genomics, 2017, 18(1):55. DOI: 10.1186/s12864-016-3454-z. (第一作者, SCI 期刊论文, 2017.01.09发表, IF: 3.729, 中科院分区: 2区Top)

8. Xukai Li (李旭凯), Haofeng Liao, Chunfen Fan, Huizhen Hu, Ying Li, Jing Li, Zili Yi, Liangcai Peng, Yuanyuan Tu*. Distinct geographical distribution of the Miscanthus accessions with varied biomass enzymatic saccharification. PLoS ONE, 2016, 11(8):e0160026. DOI: 10.1371/journal.pone.0160026. (第一作者, SCI 期刊论文, 2016.08.17发表, IF: 2.806, 中科院分区:3区，入选ESI高被引论文，截止2021年10月15日被引171次)

中文论文（第一或通讯）

1. 孙蓉，杨宇琭，李亚军，张会，李旭凯*. 谷子PLATZ转录因子家族的鉴定和分析. 植物学报, 2023, 0(00):00.（通讯作者，国家1A级核心期刊，已接收）

2. 杨宇琭，罗韶凡，郄倩茹，张雅坤，韩渊怀，李旭凯*，马芳芳*. 基于Camoco算法挖掘谷子叶鞘和叶枕颜色相关基因. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2022, 42(02):12-20.（通讯作者，核心期刊，2022.04.21发表）

3. 任雪梅，南力彰，李旭凯*. 玉米胚乳醇溶蛋白合成的分子机制研究进展. 山西农业科学, 2021, 49(11):1355-1360.（通讯作者，2021.11.12发表）

4. 高建华，欧阳春平，钱红梅，刘小琼，郭俊佩，赵雄伟，王兴春，韩渊怀，李旭凯*，侯思宇*. Comparison of the promoter activity of vip3A gene and cry1Ia gene using IeGFP as a fluorescent reporter. 中国生物化学与分子生物学报, 2021, 37(05):617-626.（通讯作者，国家1A级核心期刊，2021.03.10发表）

5. 胡萌萌，张丽玲，张雅坤，郄倩茹，任碧云，侯思宇，朱喆标，高建华，王海岗，李旭凯*，韩渊怀*. 基于WGCNA挖掘谷子淀粉合成相关基因. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2021, 41(1):11-19.（通讯作者，核心期刊，2021.01.08发表）

6. 张丽玲，郄倩茹，罗韶凡，牛文康，朱喆标，高雨柔，李旭凯*，韩渊怀*. 谷子12种黄酮类代谢物合成通路分析. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2020, 40(4):10-18.（通讯作者，核心期刊，2020.06.16发表）

7. 李旭凯，胡萌萌，张义茹，姜金霞，韩渊怀*. 基于米色、转录分析探究谷子食味差异. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2019, 39(5):1-9.（第一作者，核心期刊，2019.06.24发表）

8. 李旭凯，李任建，张宝俊*. 利用WGCNA鉴定非生物胁迫相关基因共表达网络. 作物学报, 2019, 45(9):1349-1364.（第一作者，国家1A级核心期刊，2019.04.18发表，入选中国知网优秀中文文章，并全文翻译成英文在国际上宣传推广）

9. 李旭凯*，王钇杰，王俊杰. Enrich_analysis.pl, 差异表达基因富集分析的perl脚本. 生物信息学, 2018, 16(3):178-183.（第一作者，2018.09.15发表）

10. 李旭凯，彭良才，王令强*. pep_pattern.pl, 搜索蛋白质序列模体的perl脚本. 华中农业大学学报（自然科学版） , 2014, 4:1-6.（第一作者，核心期刊，2014.06.10发表）

11. 李旭凯，郭凯，彭良才，王令强*. ChooseMaterials.pl, 控制变量挑选实验材料的perl脚本. 生物信息学, 2013, 11(3):186-191.（第一作者，2013.09.15发表）

参与的论文

1. Qiang He^#, Sha Tang^#, Hui Zhi^#, Jinfeng Chen^#, Jun Zhang, Hongkai Liang, Hongbo Li, Hui Zhang, Lihe Xing, Xukai Li (李旭凯), Wei Zhang, Hailong Wang, Junpeng Shi, Huilong Du, Hongpo Wu, Liwei Wang, Ping Yang, Lu Xing, Hongshan Yan, Zhongqiang Song, Jinrong Liu, Haigang Wang, Xiang Tian, Zhijun Qiao, Guojun Feng, Ruifeng Guo, Wenjuan Zhu, Yuemei Ren, Hongbo Hao, Mingzhe Li, Aiying Zhang, Erhu Guo, Feng Yan, Qingquan Li, Yanli Liu, Bohong Tian, Xiaoqin Zhao, Ruiling Jia, Baili Feng, Jiewei Zhang, Jianhua Wei, Jinsheng Lai, Guanqing Jia*, Michael Purugganan*, Xianmin Diao*. A graph-based genome and pan-genome variation of the model plant Setaria. Nature Genetics, 2023, x(x):x. DOI: x. (SCI 期刊论文, 2023发表, IF: 41.307, 中科院分区: 1区Top，已接收)

2. Jiaoyan Tang, Xukai Li (李旭凯), Yakun Zhang, Yulu Yang, Rong Sun, Yajun Li, Jianhua Gao, Yuanhuai Han*. Differential Flavonoids and Carotenoids Profiles in grains of six Poaceae Crops. Foods, 2022, 11(14):2068. DOI: 10.3390/foods11142068. (SCI 期刊论文, 2022.07.12发表, IF: 5.561, 中科院分区: 2区)

3. Guofang Xing^#, Minshan Jin^#, Ruifang Qu, Jiewei Zhang, Yuanhuai Han, Yanqing Han, Xingchun Wang, Xukai Li (李旭凯), Fangfang Ma*, Xiongwei Zhao*. Genome-wide investigation of histone acetyltransferase gene family and its responses to biotic and abiotic stress in foxtail millet (Setaria italica [L.] P. Beauv). BMC Plant Biology, 2022, 22(1):292. DOI: 10.1186/s12870-022-03676-9. (SCI 期刊论文, 2022.06.14发表, IF: 5.260, 中科院分区: 2区)

4. Qianxiang Zhang^#, Yaofei Zhao^#, Jinli Zhang, Xukai Li (李旭凯), Fangfang Ma, Ming Duan, Bin Zhang*, Hongying Li*. The responses of the lipoxygenase gene family to salt and drought stress in foxtail millet (Setaria italica). Life, 2021, 11(11):1169. DOI: 10.3390/life11111169. (SCI 期刊论文, 2021.11.02发表, IF: 3.817, 中科院分区: 3区)

5. Guifen Zhang, Lingqiang Wang*, Xukai Li (李旭凯), Shuming Bai, Yali Xue, Zihui Li, Shang-wen Tang, Yanting Wang, Youmei Wang, Zhen Hu, Ping Li, Liangcai Peng*. Distinctively altered lignin biosynthesis by site‐modification of OsCAD2 for enhanced biomass saccharification in rice. Global Change Biology Bioenergy, 2021, 13:305-319. DOI: 10.1111/gcbb.12772 . (SCI 期刊论文, 2020.10.26发表, IF: 5.316, 中科院分区: 1区Top)

6. Jiajia Li, Xukai Li (李旭凯), Ahmed Adel Khatab, Guosheng Xie*. Phylogeny, structural diversity and genome-wide expression analysis of fibrillin family genes in rice. Phytochemistry, 2020, 175:112377. DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112377. (SCI 期刊论文, 2020.04.18发表, IF: 2.905, 中科院分区: 2区)

7. Huizhen Hu, Ran Zhang, Zhangsheng Tao, Xukai Li (李旭凯), Yuyang Li, Jiangfeng Huang, Xinxin Li, Xiao Han, Shengqiu Feng, Guimin Zhang, Liangcai Peng*. Cellulose synthase Mutants distinctively affect cell growth and cell wall integrity for plant biomass production in Arabidopsis. Plant and Cell Physiology, 2018, 59(6):1144-1157. DOI: 10.1093/pcp/pcy050/4921018. (SCI 期刊论文, 2018.03.05, IF: 4.817, 中科院分区: 2区)

8. Youmei Wang, Chaoqun Pang, Xukai Li (李旭凯), Zhen Hu, Zhengyi Lv, Bo Zheng, Peng Chen*. Identification of tRNA nucleoside modification genes critical for stress response and development in rice and Arabidopsis. BMC Plant Biology, 2017, 17(1):261. DOI: 10.1186/s12870-017-1206-0. (SCI 期刊论文, 2017.12.21发表, IF: 3.964, 中科院分区: 2区)

9. Chunfen Fan, Shengqiu Feng, Jiangfeng Huang, Yanting Wang, Leiming Wu, Xukai Li (李旭凯), Lingqiang Wang, Tao Xia, Jingyang Li, Xiwen Cai, Liangcai Peng*. AtCesA8-driven OsSUS3 expression leads to largely enhanced biomass saccharifcation and lodging resistance by distinctively altering lignocellulose features in rice. Biotechnology for Biofuels, 2017, 10:221. DOI 10.1186/s13068-017-0911-0. (SCI 期刊论文, 2017.09.16发表, IF: 6.732, 中科院分区: 1区Top)

10. Youmei Wang^#, Dongqin Li^#, Junbao Gao, Xukai Li (李旭凯), Rui Zhang, Xiaohuan Jin, Zhen Hu, Bo Zheng, Staffan Persson, Peng Chen*. The 2'-O-methyladenosine nucleoside modification gene OsTRM13 positively regulates salt stress tolerance in rice. Journal of Experimental Botany, 2017, 68(7):1479-1491. DOI: 10.1093/jxb/erx061. (SCI 期刊论文, 2017.03.28发表, IF: 6.538, 中科院分区: 2区Top)

11. Fengcheng Li^#, Guosheng Xie^#, Jiangfeng Huang, Ran Zhang, Yu Li, Miaomiao Zhang, Yanting Wang, Ao Li, Xukai Li (李旭凯), Tao Xia, Chengcheng Qu, Fan Hu, Arthur Ragauskas, Liangcai Peng*. OsCESA9 conserved-site mutation leads to largely enhanced plant lodging resistance and biomass enzymatic saccharification by reducing cellulose DP and crystallinity in rice. Plant Biotechnology Journal, 2017, 15(9):1093-1104. DOI: 10.1111/pbi.12700. (SCI 期刊论文, 2017.03.15发表, IF: 7.443, 中科院分区: 1区Top)

12. Yang Wang, Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Liangcai Peng, Yanting Wang*. Gene profling of plant cell wall biosynthesis for genetic enhancing biomass enzymatic saccharifcation in cereal crops. Journal of Plant Biochemistry & Physiology, 2017, 5:179. DOI: 10.4173/2329-9029.1000179. (期刊论文, 2017.01.19发表)

13. 李亚军，杨宇琭，孙蓉，李旭凯，李红英*. 谷子、水稻与其野生种物种基因组转座子比较. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2023, 0(00):00.（核心期刊，2023发表，已接收）

14. 郄倩茹，胡萌萌，张丽玲，张雅坤，李旭凯，韩渊怀*，杨宏斌*. 小米油脂成分含量与小米粥感官品质的相关性. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2021, 26(04):38-46.（核心期刊，2021.03.09发表）

15. 赵雄伟，吴年隆，乔佳辉，李旭凯，韩渊怀，邢国芳*. 谷子酸性磷酸酶ACP家族基因鉴定与SiACP1耐低磷单倍型分析. 华北农学报, 2020, 35(4):35-45.（核心期刊，2020.08.28发表）

16. 李任建，申哲源，李旭凯，韩渊怀，张宝俊*. 谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析. 河南农业科学, 2020, 49(02):34-43.（核心期刊，2019.12.11发表）

17. 易晓燕，李丰成，郭凯，张冉，李旭凯，王友梅，彭良才，谢国生*. 水稻半纤维素支链合酶GT61家族基因的结构特征和组织表达分析. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2015, 20(1):19-28.（核心期刊，2015.02.15发表）

18. 陈婷婷，李旭凯，王如意，彭良才，夏涛*. 棉花GhPME1和GhPME2基因的克隆和表达分析. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2012, 17(5):7-14.（核心期刊，2012.10.15发表）

开发的主要生信软件

1. /MDSi.htm：谷子多组学数据库.

2. https://github.com/xukaili/CandiHap 或 https://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT007080：vcf/ab1 数据单倍型分析软件.

3. https://github.com/xukaili/T-DNA_Insertion_Identify：利用重测序技术鉴定 T-DNA 插入位点.

4. https://github.com/xukaili/GFF2Gene_structure.pl：基因结构作图.

5. https://github.com/xukaili/Genes_on_Chr：多个基因在染色体位置作图.

6. https://github.com/xukaili/Enrich-analysis.pl：差异表达基因富集分析.

7. https://github.com/xukaili/pep_pattern.pl：搜索蛋白质序列模体.

8. https://github.com/xukaili/ChooseMaterials.pl：控制变量挑选实验材料.

主持的科研项目

1. 国家自然科学基金青年科学基金项目，项目编号32001608，基于GWAS与基因共表达网络的谷子耐盐碱基因发掘及其功能研究，研究年限2021年01月-2023年12月，24万元.

2. 山西省应用基础研究面上青年基金项目，项目编号201901D211362，谷子耐盐碱品种筛选与关键基因定位，研究年限2019年09月-2022年09月，3万元.

3. 省部级重点实验室开放基金项目，项目编号202204010910001-02，谷子耐盐碱品种筛选与转录代谢分析，研究年限2022年10月-2023年09月，10万元.

4. 山西省优秀博士来晋工作奖励资金科研项目，项目编号SXYBKY201738，生物信息软件开发与晋谷21籽粒发育时期转录组探究，研究年限2018年01月-2019年12月，5万元.

5. 山西农业大学科技创新基金项目，项目编号2017YJ27，小米代谢物差异与食味品质的关系，研究年限2017年07月-2020年07月，14万元.

参与的科研项目

1. 国家重点研发计划“前沿生物技术”重点专项子课题，项目编号2022YFC3400300，关键模式生物基因组精细研究及其示范应用，研究年限2022年11月-2027年10月，49.33万元.

2. 国家重点研发计划项目子课题，项目编号2018YFD1000704-11，谷子氮素高效吸收利用的分子机制，研究年限2018年07月-2022年12月，50万元.

3. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31771775，小麦脆秆基因的图位克隆和功能解析，研究年限2018年01月-2021年12月，59万元.

4. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31772342，一个新的C2H2型锌指蛋白PhZFP1调控矮牵牛耐寒性的机理研究，研究年限2018年01月-2021年12月，60万元.

5. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31370604，杨树Elp基因影响ncm5U生物合成和参与干旱耐受的功能分析，研究年限2014年01月-2017年12月，80万元.

6. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31270658，杨树转录延伸复合体Elp基因参与干旱耐受的分子机制，研究年限2013年01月-2015年12月，15万元.

国家发明专利

1. 高建华，王兴春，李旭凯，钱红梅. 一种增强原核系统中蛋白质表达的方法，中国，申请号：CN201910234754.6 （实质审查）

2. 李旭凯，杨宇琭，程金金，郄倩茹，王兴春. 一种与谷子盐碱敏感度紧密连锁 InDel 标记 SiDmr6 及其引物和应用，中国，申请号：202211472261.4 （实质审查）

荣誉获奖情况

1. 2016年08月在《PLoS ONE》上发表的 SCI 论文入选ESI高被引论文，截止2021年10月15日被引171次.

2. 2019年04月在《作物学报》上发表的国家1A级核心期刊论文入选中国知网优秀中文文章，并全文翻译成英文在国际上宣传推广.

3. 华中农业大学2016-2017学年度优秀博士学位论文，2018年01月公布.

4. 2018年度“五四青年标兵”称号，2019年05月公布.

5. 山西农业大学a樱花福利院院高清2020年教职工年度考核优秀.

6. “两优一先” 2020-2021年度优秀党务工作者，2021年06月公布.

7. 山西农业大学a樱花福利院院高清2021年教职工年度考核优秀.

8. 山西农业大学a樱花福利院院高清2022年教职工年度考核优秀.

学术交流

1. 参加山西省后稷实验室和农业标准化学院联合主办的“特优作物功能基因组学未来论坛”，并做题为《多组学解析小米代谢物及其遗传机制》报告，太原，2023.02.15.

2. 参加第九届全国功能基因组学高峰论坛，并做题为《多组学解析小米代谢物驯化的遗传机制和抗炎效果》报告，2022.10.18.

3. 参加中国生物工程学会第十四届学术年会，晋中，2021.10.15-17.

4. 参加中国植物生理与植物分子生物学学会2021年全国学术年会，昆明，2021.07.26-29.

5. 参加山西省生物化学与分子生物学会”第九届会员代表大会暨学术交流会，并做题为《谷子功能基因组学与分子育种》报告，山西医科大学中都校区，晋中，2021.07.18.

6. 参加第二届全国代谢生物学大会，海南大学，海口，2020.12.04-07.

7. 参加2019年中国作物学会学术年会，并提交论文摘要《MDSi: 谷子多组学数据库》，中国作物学会，杭州，2019.10.27-30.

8. 参加河南大学首届植物代谢生物学学术研讨会，河南大学，开封，2019.05.25-27.

9. 参加第一届全国代谢生物学大会，海南大学，海口，2018.12.04-07.

10. 参加第四届全国功能组学高峰论坛，并做题为《挖掘公共数据解析转座子在栽培稻驯化中的作用》报告，百迈客研究院，北京，2017.10.23-24.

11. 参加2017年中国作物学会学术年会，中国作物学会，北京，2017.10.14-17.

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