姓名：李旭凯

团队：杂粮功能基因组学中心

邮箱：xukai_li@sxau.edu.cn

地址：a樱花福利院院高清 307室

个人简介

李旭凯，博士，副教授，硕士生导师，生物信息系主任。2010年6月，毕业于华中农业大学，获学士学位；2017年06月，毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室，获博士学位。同年07月参加工作，山西农业大学杂粮种质创新与分子育种山西省重点实验室（后稷实验室）核心成员。在《Molecular plant》（IF: 21.949，1区 Top, 植物科学顶级期刊）、《Nature Plants》（IF: 13.256，1区 Top, 植物科学顶级期刊）、《International Journal of Molecular Sciences》、《Life》、《BMC Genomics》、《PLoS ONE》（入选ESI高被引论文）、《作物学报》（入选中国知网优秀中文文章）、《中国农业大学学报（自然科学版）》、《华中农业大学学报（自然科学版）》、《山西农业大学学报（自然科学版）》等杂志发表论文 30 余篇。

工作经历

2021.03 - 至今，     山西农业大学，a樱花福利院院高清，生物信息系主任；

2019.12 - 至今，     山西农业大学，a樱花福利院院高清，副教授；

2017.07 - 2019.11，山西农业大学，a樱花福利院院高清，讲师。

教育经历

2010.09 - 2017.06，华中农业大学，作物遗传育种，硕博连读／博士；

2006.09 - 2010.06，华中农业大学，农学，本科／学士。

主讲课程

为研究生讲授《研究生常用软件》、《生物学及研究进展》课程；

为本科生讲授《Perl语言编程》、《数据挖掘》、《生物信息学前沿》、《数据库应用》课程。

实验室成员

在读硕士研究生：孙蓉、韩梦霞.

在读客座硕士研究生：杨宇琭、李亚军.

毕业客座硕士研究生：张雅坤（荣获2021年国家奖学金2万元，中国农业大学攻博）、胡萌萌、郄倩茹、张丽玲、任碧云.

研究领域与方向

1. 生物信息软件开发与应用；

2. 植物功能基因组、植物三维基因组；

3. 谷子功能成分、食味品质分子机制和应用研究；

4. 谷子耐盐碱分子机制和应用研究。

发表的主要论文

^# 为共一作者（Equal contributors）； * 为通讯作者（Correspondence）:

SCI 论文（第一或通讯）

1. Yulu Yang, Jinjin Cheng, Huarui Han, Rong Sun, Yajun Li, Yakun Zhang, Yuanhuai Han, Hui Zhang, Xukai Li* (李旭凯). Genome-wide identification of the HKT transcription factor family and their response to salt stress in foxtail millet (Setaria italica). Plant Growth Regulation, 2022, x(x):x. DOI: 10.1007/s10725-022-00903-z. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2022.09.22发表, IF: 3.242, 中科院分区: 3区)

2. Xukai Li^# (李旭凯), Jianhua Gao^#, Jingyi Song^#, Kai Guo^#, Siyu Hou, Xingchun Wang, Qiang He, Yanyan Zhang, Yakun Zhang, Yulu Yang, Jiaoyan Tang, Hailang Wang, Staffan Persson, Mingquan Huang, Lishuai Xu, Linlin Zhong, Dongqin Li, Yongming Liu, Hua Wu*, Xianmin Diao*, Peng Chen*, Xiaowen Wang*, Yuanhuai Han*. Multi-omics analyses of 398 foxtail millet accessions reveal genomic regions associated with domestication, metabolite traits and anti-inflammatory effects. Molecular Plant, 2022, 15(8):1367-1383. DOI: 10.1016/j.molp.2022.07.003. (第一作者, SCI 期刊论文, 2022.07.08发表, IF: 21.949, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)

3. Yakun Zhang^#, Jianhua Gao^#, Qianru Qie, Yulu Yang, Siyu Hou, Xingchun Wang, Xukai Li* (李旭凯), Yuanhuai Han*. Comparative analysis of flavonoid metabolites in foxtail millet (Setaria italica) with different eating quality. Life, 2021, 11(6):578. DOI: 10.3390/life11060578. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2021.06.18发表, IF: 3.817, 中科院分区: 3区)

4. Zhirong Yang^#, Haoshan Zhang^#, Xukai Li^# (李旭凯), Huimin Shen, Jianhua Gao, Siyu Hou, Bin Zhang, Sean Mayes, Malcolm Bennett, Jianxin Ma, Chuanyin Wu, Yi Sui*, Yuanhuai Han*, Xingchun Wang*. A mini foxtail millet with an Arabidopsis-like life cycle as a C₄ model system. Nature Plants, 2020, 6(9):1167–1178. DOI: 10.1038/s41477-020-0747-7. (共同第一作者, SCI 期刊论文, 2020.08.31发表, IF: 13.256, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)

5. Renjian Li, Yanqing Han, Qi Zhang, Guorong Chang, Yuanhuai Han, Xukai Li* (李旭凯), Baojun Zhang*. Transcriptome profiling analysis reveals co-regulation of hormone pathways in foxtail millet during Sclerospora graminicola infection. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(4):1226. DOI: 10.3390/ijms21041226. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2020.02.12发表, IF: 4.183, 中科院分区: 2区Top)

6. Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Xiaobo Zhu, Peng Chen, Ying Li, Guosheng Xie, Lingqiang Wang, Yanting Wang, Staffan Persson*, Liangcai Peng*. Domestication of rice has reduced the occurrence of transposable elements within gene coding regions. BMC Genomics, 2017, 18(1):55. DOI: 10.1186/s12864-016-3454-z. (第一作者, SCI 期刊论文, 2017.01.09发表, IF: 3.729, 中科院分区: 2区Top)

7. Xukai Li (李旭凯), Haofeng Liao, Chunfen Fan, Huizhen Hu, Ying Li, Jing Li, Zili Yi, Liangcai Peng, Yuanyuan Tu*. Distinct geographical distribution of the Miscanthus accessions with varied biomass enzymatic saccharification. PLoS ONE, 2016, 11(8):e0160026. DOI: 10.1371/journal.pone.0160026. (第一作者, SCI 期刊论文, 2016.08.17发表, IF: 2.806, 中科院分区:3区，入选ESI高被引论文，截止2021年10月15日被引171次)

中文论文（第一或通讯）

1. 孙蓉，杨宇琭，李亚军，张会，李旭凯*. 谷子PLATZ转录因子家族的鉴定和分析. 植物学报, 2022, 0(00):00.（通讯作者，国家1A级核心期刊，已接收）

2. 杨宇琭，罗韶凡，郄倩茹，张雅坤，韩渊怀，李旭凯*，马芳芳*. 基于Camoco算法挖掘谷子叶鞘和叶枕颜色相关基因. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2022, 42(02):12-20.（通讯作者，核心期刊，2022.04.21发表）

3. 任雪梅，南力彰，李旭凯*. 玉米胚乳醇溶蛋白合成的分子机制研究进展. 山西农业科学, 2021, 49(11):1355-1360.（通讯作者，2021.11.12发表）

4. 高建华，欧阳春平，钱红梅，刘小琼，郭俊佩，赵雄伟，王兴春，韩渊怀，李旭凯*，侯思宇*. Comparison of the promoter activity of vip3A gene and cry1Ia gene using IeGFP as a fluorescent reporter. 中国生物化学与分子生物学报, 2021, 37(05):617-626.（通讯作者，国家1A级核心期刊，2021.03.10发表）

5. 胡萌萌，张丽玲，张雅坤，郄倩茹，任碧云，侯思宇，朱喆标，高建华，王海岗，李旭凯*，韩渊怀*. 基于WGCNA挖掘谷子淀粉合成相关基因. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2021, 41(1):11-19.（通讯作者，核心期刊，2021.01.08发表）

6. 张丽玲，郄倩茹，罗韶凡，牛文康，朱喆标，高雨柔，李旭凯*，韩渊怀*. 谷子12种黄酮类代谢物合成通路分析. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2020, 40(4):10-18.（通讯作者，核心期刊，2020.06.16发表）

7. 李旭凯，胡萌萌，张义茹，姜金霞，韩渊怀*. 基于米色、转录分析探究谷子食味差异. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2019, 39(5):1-9.（第一作者，核心期刊，2019.06.24发表）

8. 李旭凯，李任建，张宝俊*. 利用WGCNA鉴定非生物胁迫相关基因共表达网络. 作物学报, 2019, 45(9):1349-1364.（第一作者，国家1A级核心期刊，2019.04.18发表，入选中国知网优秀中文文章，并全文翻译成英文在国际上宣传推广）

9. 李旭凯*，王钇杰，王俊杰. Enrich_analysis.pl, 差异表达基因富集分析的perl脚本. 生物信息学, 2018, 16(3):178-183.（第一作者，2018.09.15发表）

10. 李旭凯，彭良才，王令强*. pep_pattern.pl, 搜索蛋白质序列模体的perl脚本. 华中农业大学学报（自然科学版） , 2014, 4:1-6.（第一作者，核心期刊，2014.06.10发表）

11. 李旭凯，郭凯，彭良才，王令强*. ChooseMaterials.pl, 控制变量挑选实验材料的perl脚本. 生物信息学, 2013, 11(3):186-191.（第一作者，2013.09.15发表）

参与的论文

1. Jiaoyan Tang, Xukai Li (李旭凯), Yakun Zhang, Yulu Yang, Rong Sun, Yajun Li, Jianhua Gao, Yuanhuai Han*. Differential Flavonoids and Carotenoids Profiles in grains of six Poaceae Crops. Foods, 2022, 11(14):2068. DOI: 10.3390/foods11142068. (SCI 期刊论文, 2022.07.12发表, IF: 5.561, 中科院分区: 2区)

2. Guofang Xing^#, Minshan Jin^#, Ruifang Qu, Jiewei Zhang, Yuanhuai Han, Yanqing Han, Xingchun Wang, Xukai Li (李旭凯), Fangfang Ma*, Xiongwei Zhao*. Genome-wide investigation of histone acetyltransferase gene family and its responses to biotic and abiotic stress in foxtail millet (Setaria italica [L.] P. Beauv). BMC Plant Biology, 2022, 22(1):292. DOI: 10.1186/s12870-022-03676-9. (SCI 期刊论文, 2022.06.14发表, IF: 5.260, 中科院分区: 2区)

3. Qianxiang Zhang^#, Yaofei Zhao^#, Jinli Zhang, Xukai Li (李旭凯), Fangfang Ma, Ming Duan, Bin Zhang*, Hongying Li*. The responses of the lipoxygenase gene family to salt and drought stress in foxtail millet (Setaria italica). Life, 2021, 11(11):1169. DOI: 10.3390/life11111169. (SCI 期刊论文, 2021.11.02发表, IF: 3.817, 中科院分区: 3区)

4. Guifen Zhang, Lingqiang Wang*, Xukai Li (李旭凯), Shuming Bai, Yali Xue, Zihui Li, Shang-wen Tang, Yanting Wang, Youmei Wang, Zhen Hu, Ping Li, Liangcai Peng*. Distinctively altered lignin biosynthesis by site‐modification of OsCAD2 for enhanced biomass saccharification in rice. Global Change Biology Bioenergy, 2021, 13:305-319. DOI: 10.1111/gcbb.12772 . (SCI 期刊论文, 2020.10.26发表, IF: 5.316, 中科院分区: 1区Top)

5. Jiajia Li, Xukai Li (李旭凯), Ahmed Adel Khatab, Guosheng Xie*. Phylogeny, structural diversity and genome-wide expression analysis of fibrillin family genes in rice. Phytochemistry, 2020, 175:112377. DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112377. (SCI 期刊论文, 2020.04.18发表, IF: 2.905, 中科院分区: 2区)

6. Huizhen Hu, Ran Zhang, Zhangsheng Tao, Xukai Li (李旭凯), Yuyang Li, Jiangfeng Huang, Xinxin Li, Xiao Han, Shengqiu Feng, Guimin Zhang, Liangcai Peng*. Cellulose synthase Mutants distinctively affect cell growth and cell wall integrity for plant biomass production in Arabidopsis. Plant and Cell Physiology, 2018, 59(6):1144-1157. DOI: 10.1093/pcp/pcy050/4921018. (SCI 期刊论文, 2018.03.05, IF: 4.817, 中科院分区: 2区)

7. Youmei Wang, Chaoqun Pang, Xukai Li (李旭凯), Zhen Hu, Zhengyi Lv, Bo Zheng, Peng Chen*. Identification of tRNA nucleoside modification genes critical for stress response and development in rice and Arabidopsis. BMC Plant Biology, 2017, 17(1):261. DOI: 10.1186/s12870-017-1206-0. (SCI 期刊论文, 2017.12.21发表, IF: 3.964, 中科院分区: 2区)

8. Chunfen Fan, Shengqiu Feng, Jiangfeng Huang, Yanting Wang, Leiming Wu, Xukai Li (李旭凯), Lingqiang Wang, Tao Xia, Jingyang Li, Xiwen Cai, Liangcai Peng*. AtCesA8-driven OsSUS3 expression leads to largely enhanced biomass saccharifcation and lodging resistance by distinctively altering lignocellulose features in rice. Biotechnology for Biofuels, 2017, 10:221. DOI 10.1186/s13068-017-0911-0. (SCI 期刊论文, 2017.09.16发表, IF: 6.732, 中科院分区: 1区Top)

9. Youmei Wang^#, Dongqin Li^#, Junbao Gao, Xukai Li (李旭凯), Rui Zhang, Xiaohuan Jin, Zhen Hu, Bo Zheng, Staffan Persson, Peng Chen*. The 2'-O-methyladenosine nucleoside modification gene OsTRM13 positively regulates salt stress tolerance in rice. Journal of Experimental Botany, 2017, 68(7):1479-1491. DOI: 10.1093/jxb/erx061. (SCI 期刊论文, 2017.03.28发表, IF: 6.538, 中科院分区: 2区Top)

10. Fengcheng Li^#, Guosheng Xie^#, Jiangfeng Huang, Ran Zhang, Yu Li, Miaomiao Zhang, Yanting Wang, Ao Li, Xukai Li (李旭凯), Tao Xia, Chengcheng Qu, Fan Hu, Arthur Ragauskas, Liangcai Peng*. OsCESA9 conserved-site mutation leads to largely enhanced plant lodging resistance and biomass enzymatic saccharification by reducing cellulose DP and crystallinity in rice. Plant Biotechnology Journal, 2017, 15(9):1093-1104. DOI: 10.1111/pbi.12700. (SCI 期刊论文, 2017.03.15发表, IF: 7.443, 中科院分区: 1区Top)

11. Yang Wang, Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Liangcai Peng, Yanting Wang*. Gene profling of plant cell wall biosynthesis for genetic enhancing biomass enzymatic saccharifcation in cereal crops. Journal of Plant Biochemistry & Physiology, 2017, 5:179. DOI: 10.4173/2329-9029.1000179. (期刊论文, 2017.01.19发表)

12. 郄倩茹，胡萌萌，张丽玲，张雅坤，李旭凯，韩渊怀*，杨宏斌*. 小米油脂成分含量与小米粥感官品质的相关性. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2021, 26(04):38-46.（国家1B级核心期刊，2021.03.09发表）

13. 赵雄伟，吴年隆，乔佳辉，李旭凯，韩渊怀，邢国芳*. 谷子酸性磷酸酶ACP家族基因鉴定与SiACP1耐低磷单倍型分析. 华北农学报, 2020, 35(4):35-45.（核心期刊，2020.08.28发表）

14. 李任建，申哲源，李旭凯，韩渊怀，张宝俊*. 谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析. 河南农业科学, 2020, 49(02):34-43.（核心期刊，2019.12.11发表）

15. 易晓燕，李丰成，郭凯，张冉，李旭凯，王友梅，彭良才，谢国生*. 水稻半纤维素支链合酶GT61家族基因的结构特征和组织表达分析. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2015, 20(1):19-28.（核心期刊，2015.02.15发表）

16. 陈婷婷，李旭凯，王如意，彭良才，夏涛*. 棉花GhPME1和GhPME2基因的克隆和表达分析. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2012, 17(5):7-14.（核心期刊，2012.10.15发表）

开发的主要生信软件

1. /MDSi.htm：谷子多组学数据库.

2. https://github.com/xukaili/CandiHap 或 https://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT007080：vcf/ab1 数据单倍型分析软件.

3. https://github.com/xukaili/T-DNA_Insertion_Identify：利用重测序技术鉴定 T-DNA 插入位点.

4. https://github.com/xukaili/GFF2Gene_structure.pl：基因结构作图.

5. https://github.com/xukaili/Genes_on_Chr：多个基因在染色体位置作图.

6. https://github.com/xukaili/Enrich-analysis.pl：差异表达基因富集分析.

7. https://github.com/xukaili/pep_pattern.pl：搜索蛋白质序列模体.

8. https://github.com/xukaili/ChooseMaterials.pl：控制变量挑选实验材料.

主持的科研项目

1. 国家自然科学基金青年科学基金项目，项目编号32001608，基于GWAS与基因共表达网络的谷子耐盐碱基因发掘及其功能研究，研究年限2021年01月-2023年12月，24万元.

2. 山西省应用基础研究面上青年基金项目，项目编号201901D211362，谷子耐盐碱品种筛选与关键基因定位，研究年限2019年09月-2022年09月，3万元.

3. 山西省优秀博士来晋工作奖励资金科研项目，项目编号SXYBKY201738，生物信息软件开发与晋谷21籽粒发育时期转录组探究，研究年限2018年01月-2019年12月，5万元.

4. 山西农业大学科技创新基金项目，项目编号2017YJ27，小米代谢物差异与食味品质的关系，研究年限2017年07月-2020年07月，14万元.

参与的科研项目

1. 国家重点研发计划项目子课题，项目编号2018YFD1000704-11，谷子氮素高效吸收利用的分子机制，研究年限2018年07月-2022年12月，50万元.

2. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31771775，小麦脆秆基因的图位克隆和功能解析，研究年限2018年01月-2021年12月，59万元.

3. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31772342，一个新的C2H2型锌指蛋白PhZFP1调控矮牵牛耐寒性的机理研究，研究年限2018年01月-2021年12月，60万元.

4. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31370604，杨树Elp基因影响ncm5U生物合成和参与干旱耐受的功能分析，研究年限2014年01月-2017年12月，80万元.

5. 国家自然科学基金面上项目，项目编号31270658，杨树转录延伸复合体Elp基因参与干旱耐受的分子机制，研究年限2013年01月-2015年12月，15万元.

国家发明专利

1. 高建华，王兴春，李旭凯，钱红梅. 一种增强原核系统中蛋白质表达的方法，中国，申请号CN201910234754.6 （实质审查）

荣誉获奖情况

1. 2016年08月在《PLoS ONE》上发表的 SCI 论文入选ESI高被引论文，截止2021年10月15日被引171次.

2. 2019年04月在《作物学报》上发表的国家1A级核心期刊论文入选中国知网优秀中文文章，并全文翻译成英文在国际上宣传推广.

3. 华中农业大学2016-2017学年度优秀博士学位论文，2018年01月公布.

4. 2018年度“五四青年标兵”称号，2019年05月公布.

5. 山西农业大学a樱花福利院院高清2020年教职工年度考核优秀.

6. “两优一先” 2020-2021年度优秀党务工作者，2021年06月公布.

7. 山西农业大学a樱花福利院院高清2021年教职工年度考核优秀.

学术交流

1. 参加中国生物工程学会第十四届学术年会，晋中，2021.10.15-17.

2. 参加中国植物生理与植物分子生物学学会2021年全国学术年会，昆明，2021.07.26-29.

3. 参加山西省生物化学与分子生物学会”第九届会员代表大会暨学术交流会，并做题为《谷子功能基因组学与分子育种》报告，山西医科大学中都校区，晋中，2021.07.18.

4. 参加第二届全国代谢生物学大会，海南大学，海口，2020.12.04-07.

5. 参加2019年中国作物学会学术年会，并提交论文摘要《MDSi: 谷子多组学数据库》，中国作物学会，杭州，2019.10.27-30.

6. 参加河南大学首届植物代谢生物学学术研讨会，河南大学，开封，2019.05.25-27.

7. 参加第一届全国代谢生物学大会，海南大学，海口，2018.12.04-07.

8. 参加第四届全国功能组学高峰论坛，并做题为《挖掘公共数据解析转座子在栽培稻驯化中的作用》报告，百迈客研究院，北京，2017.10.23-24.

9. 参加2017年中国作物学会学术年会，中国作物学会，北京，2017.10.14-17.

秉承“学以事人、教以授道、研以惠民”的杂粮分子育种团队宗旨，如果您对本课题组的研究感兴趣，想感受一下课题组的研究氛围，欢迎申请加入或建立合作！长期招募本科生和研究生开展课题研究，请有意者可通过上述联系方式联系。